自宋以后，方书更多，论方剂理论的书如《医方考》，对《伤》方阐述的医家也很多。历史上最大的方书是《普济方》，《本草纲目》方剂也很多，它不仅阐述了一些方剂理论，对药的解释中论到方的理论。
方的理论在《内经》里很多，有一些是治则、治法，过去在名词上没有区分，现在我们对这两个概念加以区分。治则指治疗疾病当中都必须遵循的东西，如在基础理论中，治病必求于本，正治、反治、标本、因时因人因地制宜，这些不管治疗那一个病，都需以此为原则来加以考虑。治法是针对具体证、具体病来进行的，法可分很多，把汗法说成解表法还是不恰切的，汗法中有许多方法来发汗，法有大有小，法针对性很强，有具体的对象，治法与所辨得的证应是相对应的，表证解表，表寒辛温解表，表热辛凉解表，是对应的，气虚外感，则益气解表，阳虚外感助阳解表，再小的一个方子都有它的治法。到了后世，邪实正虚可用扶正药加入，加用益气养血药，也可用清热滋阴药，或者益气滋阴同时用，这是从《伤》三承气的基础上发展起来的。
经方、时方的问题。对经方，一说仲景为经方，一说唐以前的方为经方，对此了解一个概念就行。自唐以后用药的风格，随药物的丰富，理论的提高，疾病的变化，开始不同，各有所宜。
方剂理论，在《内》里很多，有的是治则，有的是治法，专门对一个方剂进行理论性解释始于成无已在《伤寒明理论》中把20个方作了细致的理论性的论述，这可以说是方剂理论著作的第一篇，从这以后逐渐多了。对《伤》证所对应的方也多了，对这也有了争鸣，实际上也就是方剂的发展。《医方考》专门解释方剂，针对证解释方，有其特点，也有不足之处，同样的方可用于不同的证，可以说是异病同治，实际上用于不同的证、不同的人，它的配伍用量、配伍的君臣佐使上总是有所变化的。从这以后，便多了起来，《名医方论》《绛雪园》等，从明以后多，这与历史的发展相应。
方书争论最大的难点是方书分类问题，时至今日，仍未解决，从已有的分类方法看，主要有几种。按病：《伤寒》，从此方剂分类有了框架，后世分类大体上在此基础上变化。另有分类是按治法，这种分类的书不多，用药如用兵，药就是兵，遣兵调将布阵，讲究王者之师，讲究王道，这在中医治病中是一个特色，也是个优势，是根据中医整个理论特点而来的，它不是治病，而是治病人，在从《内》理论中明确看到，它治的不是机械的人，不是自然人，而是社会人。
中医的整体观，人是一个整体，社会自然又是一个整体。中医的特点在于它治疗的是社会人，因此不是以单一的治病为目的，既要治病，还要治好人，不能为了治这个病同而造成另一个病，不能因为治疗这个病，而造成他的生长发育障碍，不应给他其它各个方面造成损害，这 是中医治病的一个基本思路。当然在抢救危重的病证，在治标时，那又是一种情况。但总的来说，中医讲治标不忘本，主导思想是不离开人。
张景岳引用王元正的“见热不表热，无汗不发汗，见血不止血，见痰休治痰”，强调仍是治病求本，讲的是更深一层的道理。我们在临床上治病，已不单纯是科学性的问题，已上升为艺术性的问题，中医处方往往不能统一，在过去往往是一种说不清的怨枉，实际上这正是中医的一个特点，一个优势，内容丰富，方法多样手段各种各样，虽人所掌握的方法不同，但它可达到相同的效果，而临床上辨证后，他要精雕细啄，不仅要对病清楚，而且对人也要搞清楚。过去医时，对此不理解，明明把烧退了还要挨批评，过去讲伤寒病现在讲温病，在看这种病时，不是看你是多快退烧的，不是看这个病的全过程是多长时间，把病治好后3个月的情况如何，还要把这个病人原来的病合并治疗，病好以后的身体比以前还要健康。这里着重强调治病不要忘了人，用药不要只取一时之效，治病必求于本，尽管我是针对某一个问题，但不忘他的本质所在，我当前解决的只是一个问题，特别现在内科复杂的病又特别多，我们要逐步解决，总的我们要知道他的本在哪里。
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