首先需要建立一个概念：什么是中世纪。中世纪其实大致是指西罗马灭亡的公元476年到东罗马灭亡的1453年，将近1000年的历史，这个时期称为中世纪。
中世纪是欧洲封建制社会形成、发展的时期，也是三大宗教迅速传播的时期，欧洲的基督教文化在整个中世纪取得了万流归宗的地位，也就成了欧洲宗教的正统。
很遗憾，这个时期的欧洲没有强有力的政权，封建割据带来的战争非常频繁，这种频繁的战争造成了科技和生产力发展的停滞，人民生活几乎毫无希望，所以整个中世纪普遍被称为黑暗时代。
是什么造成了黑暗时代呢？基督教。要先从基督教的另外一段历史也就是基督教成为国教之后说起。
公元393年，罗马皇帝狄奥多西一世宣布基督教为罗马国教。在世俗权力的支持下，基督教的事业迅速膨胀、发展，遍布整个欧洲大地。然而这种胜利又导致教会迅速与世俗的力量相融合，开始世俗化，信仰的力量慢慢被弱化。
《圣经》本来是信徒行事的最高准则，但是罗马教皇规定，除了教会中的领袖以外，不准普通的信众读《圣经》，怕一般的信徒误解、滥用《圣经》。更可笑的是，他们还把《圣经》锁起来，这样神职人员就可以任意曲解《圣经》，以人的意志取代神的意志。而且他们宣传“教皇无误论”，就是教皇说什么都是对的，教皇是上帝的代言人，他讲的话不是他的话，是上帝的话，所以教皇断案也就是神断案。这就很荒唐了。
正是因为有这种权力，所以罗马的教庭开始垄断属灵的事务，也就是信仰层面的事务，慢慢地又开始把权力延伸到世俗的事务中。这个时期教会开始逐步从神的领地扩张到了世俗的领地，整个教会只关心世间的事，而忽略了精神的拯救。
在基督教教义中，上帝派他的儿子耶稣来到世间是来拯救世人的，是因为世人有罪。而这一时期教会关心的是怎么样在世间扩大权力，却忽略了它的本职工作，这种世俗化代替了永恒的追求，使教皇处在一个既管世俗又管精神的至高无上的地位，这种力量和权力使教皇产生一种幻觉，以为他就是上帝，上帝就是他。因为神是至高无上的、万能的，而神不会直接对人发号施令，要通过代言人教皇，所以教皇慢慢产生了这种错觉，因为入戏太深而不能自拔。教皇是上帝吗？不是。因为这种错觉造成精神的分裂、人格的分裂，这种分裂使教皇开始干涉很多世间的事物。
整个中世纪的1000年里，教皇干的大部分事都是坏事，比如干涉世俗的王权，世俗的王权没有得到教皇的认可，皇帝的加冕就是没有法律效力的；还挑起十字军东征，教皇说圣城耶路撒冷被占领了，要信徒夺回圣城，于是发动了多次十字军东征，演变成人类的一场浩劫。
正是因为教皇有管辖世俗事务的权力，搞异端裁判，迫害和阻滞科学发展，医学也没有进步。在欧洲黑死病盛行期间，大量的人死掉，人口锐减，整个欧洲死气沉沉。
最关键的一点是，教皇还垄断知识教育，压制知识分子，不允许他们有任何新的思想，搞异端审判，把新思想者都处死、折磨死。
最糟糕的是，教皇为了敛财，还发明了赎罪券。教会非常腐化堕落，教皇挥金如土，寡廉鲜耻到了极致，没有钱了就去骗人，要信徒买赎罪券。他宣称，只要信徒把钱投到钱箱里，“叮当”的一瞬间，他的罪就被赦免了，死后能从地狱直接升到天堂。很多穷苦的人省吃俭用就是为了买赎罪券，还有很多妓女把卖身得的所有钱都买了赎罪卷，因为这是进入天堂的门票！这是多大的骗局？很多人因为对地狱感到恐惧，所以穷其家财换来的却是这些废纸。
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