KEGG Module 数据库的原理是什么

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KEGG Module数据库的原理是什么?针对这个问题,本文详细介绍了相应的分析和解答,希望能帮助更多想要解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。

功能相同的基因分为Kegg或哲学,每个KO代表一种特定的功能。在生命活动中,往往需要多个功能单位协同工作,例如多个蛋白质形成复合物发挥调节作用,然后多个KOs整合在一起。这个例子说明了KO上面一定有一个分类系统,把同一流程涉及的多个KO划分在一起。实际上,KEGG Module数据库就是存储这些信息的数据库。

kegg module数据库中的每一条记录都代表一个功能单元,该功能单元是KOs的集合,称为KEGG Module,由大写字母M和数字标识。

模块数据库包含以下四类功能:

路径模块

结构复合体

功能集

签名模块

更详细的分类信息可以在brite数据库中找到,见以下链接。

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko00002 .桶

类似于pathway,对于每个模块记录,都有一个对应的图片叫做模块图。

对应M0002的映射如下

KEGG  Module  数据库的原理是什么

结合它的详细信息,让我们了解一下模块的组成。

KEGG  Module  数据库的原理是什么

从Definition字段的信息中,我们可以看到每个Module都有多个KOs,那么这些KOs之间是什么关系呢?让我们从定义字段的定义开始!

用空格分隔的每个字段称为一个块,M0002可以分为以下五个主要块。

K01803

((K00134,K00150) K00927,K11389)

(K01834、K15633、K15634、K15635)

K01689

(K00873,K12406)

这里,空格表示逻辑AND和AND之间的关系,表示这五个块协同工作;

在(k01834,K15633,K15634,K15635)块中,逗号代表逻辑OR OR的关系,任何KO都可以起到这个blcok的作用。

请注意,逗号和空格都出现在((K00134,K00150) K00927,K11389)中,括号用于正确区分它们。括号中有一个块,所以K00134和K00150是一个块,这个块和K00927之间用空格隔开,所以是一个AND关系,逗号连接两个块(K00134,K00150) K00927和K11389。所以这个区块对应的地图如上图所示。了解了定义字段的信息后,不难发现这个模块对应的地图可以根据这个字段的信息进行计算。

除了空格和逗号,定义也会出现。例如((K01878 K01879)、K14164、K01880),加号表示两个KOs作为一个块一起工作,对应的映射如下

KEGG  Module  数据库的原理是什么

减号表示可选,表示该块是可选的。例如k 01866k 01873-k 07587-k 11627-k 01884。尽管减号连接块是可选的,但它仍会出现在地图中。

既然模块是从KO发展而来,那么模块也是一个跨物种的概念。对于每个物种,也有一个对应该物种的模块,例如人类中M0000的对应记录为hsa _ M00002;

在物种模块中,根据包含的区块数量可以分为两类。

完整模块,包含引用模块中的所有块;

模块不完整,只缺少一两个块;

在该物种对应的模块图中,该物种对应的KO将被高亮显示。

KEGG  Module  数据库的原理是什么

00-1010 KeggModule数据库是KOs的集成,每个模块代表一个功能单元,是多个KOs的集合;

该模块由模块组成。定义字段中的信息需要理解空格、逗号、加号和减号的不同含义。可以根据定义字段中的信息计算模块映射。

3 .模块是一个跨物种的概念。最初的一个叫做引用模块,它定义了块的数量。根据包含块的完整性,物种对应的模块可以分为完整模块和不完整模块。在与物种相对应的模块图中,相应的KO将被高亮显示。

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