本期，边肖将给大家带来KEGG网络数据库的原理。文章内容丰富，从专业角度进行分析和描述。看完这篇文章，希望你能有所收获。
Kegg矫形学数据库是kegg的核心。利用不同物种之间的基因保守性，我们可以在更高的水平上解释基因功能。data、brite、module等数据库都是基于KO数据库，所以任何基因组数据都可以映射到这些数据库。当然，这种方法也有其局限性。在某种程度上，它忽略了特定物种中基因的变异信息。
对于人类来说，网络数据库不仅提供了基因的功能和相互作用，还包含了基因的变异信息，与疾病进一步相关。
以上是kegg官网提供的示意图。KO是基于不同物种基因的同源性，通路利用KO注释信息提供跨物种通路信息，而网络数据库是从通路数据库扩展而来的。在Pathway的基础上，还包括了基因变异信息(包括SNP、基因融合等结构变异现象和基因表达变化)，为人类基因相关变异和疾病的研究提供了更详细的参考信息。
网络数据库中的每条记录都被称为网络元素，由N个数字唯一标识。它记录了基因之间的相互作用网络。因为网络来自路径数据库，所以每条记录都会有相应的路径信息。在这些通路图中，基因将被特别标记，如对应于N0002的hsa05220通路。
上图中，用粉色标注的方框是网络中记录的基因，而突变的基因在粉色方框中用红色显示。
为了记录N0002
Defiinition字段记录基因之间的相互作用信息，其中ABL基因发生突变，产生BCR-ABL融合基因，从而导致疾病。结合上面的通路图一起理解，我们可以看到BCR-ABL在通路图中用粉色方框和红色字体标注，而其他记录的基因只用粉色方框标注；
在网络中，所有的记录都分为三类。
参考文献，这些网络只从通路中提取基因的相互作用信息；
变体，基于原始基因相互作用，包含基因的变异信息；
病毒在原有基因相互作用的基础上，包括病毒入侵基因引起的相互作用的变化。
在下面的链接中，您可以看到
http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_network?id=nt06201cancer=1
第一列是对应网络数据库中的记录；第二列各种颜色的小方块代表与网络相关的疾病，不同的疾病用不同的颜色标注；其他是这个网络中记录的基因之间的相互作用，其中绿色代表参考，红色代表变体，粉色代表病毒。
我们可以看到参考网上没有相关的疾病信息，只有变种和病毒才能看到相关的疾病信息。
红色链接可以与变异体的详细信息相关，例如EGF*代表的具体变异信息为1950v1，代表EGF基因的过表达；粉色链接链接到KO数据库，该数据库提供了关于该基因功能的特定信息，例如，vK1是病毒基因；
总结
网络数据库是专门为人类设计的，从通路数据库中提取基因之间的相互作用，构建了相互作用网络。
该数据库还涉及基因变异、外来基因入侵和疾病信息。在整个数据库中，可以分为三类：参考网络，直接从通路中提取基因的相互作用；变体网络，包含基因的变异信息，包括结构变异和表达变异；病毒网络，包含病毒入侵生物体的遗传信息。对于变种和病毒网络，也会给出相关的疾病信息。
Network也有相关的通路图，其中记录的基因用粉色方框突出显示；
以上边肖共享的KEGG网络数据库的原理是什么？如果你恰好也有类似的疑惑，可以参考上面的分析来理解。想了解更多，请关注行业信息渠道。
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