MES不是孤立存在的。企业内外有大量的信息系统，不同系统之间存在业务间的协同，因此要求MES参与系统间的集成。由于企业业务的动态变化，MES与其他系统之间的集成关系难以固定，导致系统之间的集成关系重构。
系统's集成需求主要分为四类，即与管理信息系统的集成需求、与产品设计开发信息系统的集成需求、与车间设备控制层的集成需求和与外部制造平台的集成需求。
(1)MES与管理信息系统的集成可以纵向支持管理基础数据、业务数据和关键制造流程的集成运营，使企业摆脱手工纸质业务记录(各种账目)、业务管理和从业务管理到车间制造的信息传递，达到降低成本、提高运营管理效率的目的。
(2)系统与设计开发信息系统的融合，可以纵向支持各种产品设计制造环节的数据共享和业务协同，让企业摆脱手工纸质的业务管理和信息传递(设计图纸和工艺技术文件等)。)来自研发；d设计到车间制造，实现无纸化车间制造，从而提升产品设计和制造能力。
(3)MES系统与车间设备控制层的集成可以支持基于多功能交互信息终端的产品加工在线监控、设备运行监控、制造过程信息交换，如生产进度信息、质检信息、物料信息、工人信息等。
(4)MES系统与外部制造平台的融合可以支持系统充分参与产业链，实现企业闲置制造能力的有效利用，提高企业对外部客户需求的响应速度，满足跨企业业务协同的需求，增加企业在市场竞争中的优势。
随着企业信息化的发展和外部环境的变化，MES系统一方面要保持与现有信息化系统的集成关系，另一方面必须具备灵活应对未知集成需求的能力，使MES的集成实现能够动态调整和重新配置，满足异构系统间松耦合的信息集成和服务集成需求。
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