逐步推开年薪制
同年，三明市对22家县级及以上公立医疗机构医师（技师、临床药师）实行目标年薪制。医师年薪由基本年薪（档案工资）和绩效年薪两部分构成。医师年薪按照城镇在岗职工平均工资水平的2~3倍来确定，并动态调整。目前，不同职称等级的医师目标年薪从11万~30万元不等。
自2014年起，三明市在乡镇卫生院实行全员目标年薪制。人员工资核定总额改由三部分构成：一是所有人员（含编制外人员）的基本工资和基础性绩效工资由财政核拨；二是扣除成本后基本公共卫生项目服务的收入；三是鼓励开展基本医疗服务，所得收入的医疗服务收入部分，扣除运行成本后的80%用于发放工资。
从2015年起，三明市实行公立医疗机构“全员目标年薪制、年薪计算工分制”，实现目标年薪全员覆盖，并实行同工同酬，突破人事编制与聘用的界限。院内人员年薪以工分制计算，即年薪计算由基础工分、工作量工分和奖惩工分三部分组成，彻底打破了人员工资与科室创收挂钩的分配模式。这些改革举措，充分调动了医务人员积极性，逐步实现了“三个回归”：公立医疗机构回归公益性质、医生回归看病角色、药品回归治病功能。
动态调整工资总量
从2016年开始，三明市要求医院降低医疗成本，提高运行效率，剔除床位费和不计费耗材收入。
从2017年开始，三明市对医保基金实行打包支付，结余资金的80%计入工资总额。
2019年，三明市进一步明确，医院当年度发放工资总量由当年度工资总额、按疾病诊断相关分组（CDRG）绩效考核奖励资金、慢性病一体化管理绩效考核奖励资金和家庭医生签约服务收入4个部分构成。
通过改革，医院工资总额在大幅度增加的情况下，医院财务运行依然保持平稳。从2014年三明市22家县级及以上医院首次转亏为盈结余1.2亿元开始，到2020年，累计结余11.52亿元。
自2017年，以县（市、区）域为单位，以“总额包干、结余留用、超支自付”为原则，实行医保基金打包支付政策以来，三明市将累计结余9.38亿元作为奖励金，直接奖励给各总医院（健康管护组织）。
健全薪酬保障机制
通过“腾笼换鸟”，三明市先后8次动态调整理顺医疗服务价格，共转移增加医院医疗服务性收入57.39亿元，提高了医院收入的“含金量”，为实行工资总额核定下的全员目标年薪制提供财力保障，解决了公立医疗机构薪酬制度改革“钱从哪里来”的问题。
严格执行“两条红线、一条底线”的原则。“两条红线”，即医院工资总额由三明市财政局、人力资源和社会保障局根据考核结果进行核准，医院不得突破核定的工资总额，院长必须在核定额度内自主分配；不得亏损兑现。“一条底线”，即当医院无法兑现医务人员档案工资时，不足部分由当地财政补足，保证档案工资发放。
严格规定工资总额的分配结构。医生（技师、临床药师），护理人员，行政后勤管理团队的工资分别占工资总额的50%、40%、10%。
规定最高薪酬比例。护士应在医师的70%以内，行政后勤人员应在医师的50%以内，有突出贡献的医务人员个人最高奖励不得突破规定目标年薪的1倍，即60万元。
薪酬分配再迎变革
这次薪酬制度改革把过去按医务性收入来提取工资总额，彻底转变到按基本年薪总额和10%的医务性绩效工资总额；总医院内部从过去按医疗数量分配，转变到按岗位职责履职考核情况打分来进行分配。过去考核的是医疗收入多少，现在考核的是岗位职责履职得好不好，这是本质区别，是一次“变轨”，是一次薪酬分配制度的彻底变革。
年薪基数不再区分医院等级，全部按医务人员职称核定基本年薪：主任30万元、副主任25万元、主治医师20万元、住院医师15万元；技师、药师为同级别医师的80%；护师为同级别医师的70%；行政后勤人员为医师平均年薪的40%；村卫生院人员10万元。书记（院长）的基本年薪为：市级医院50万元、县级医院40万元、市级专科医院30万元。
同时，合理设计总医院对内部岗位职责履职年度考评和薪酬计算办法，明确个人年薪总额与个人基本年薪工分数、个人岗位职责年度考评分、工分值的关系。根据岗位职责履职考评情况奖优罚劣，可最多上浮20%或下浮50%。
实施岗位职责薪酬制度是三明医改再出发的重头戏，是在原来按照医疗纯收入的80%~90%提取工资总额的基础上进一步扬弃、提升。建立引导以健康为中心的岗位职责年薪制，这是建立以健康为中心新时代健康保障体系的“牛鼻子”。
同时，政府切实承担起办医责任，斩断开方提成的药品耗材回扣灰色链条，建设好健康管护组织——紧密型医共体（总医院），将医保基金从治病报销上升到健康保障，实行按人头年度打包支付制度，真正让白衣天使的医疗行为与老百姓的利益诉求同向而行，做到“左手做预防、右手下处方”。
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