很多新手对于如何用MEGA构建进化树不是很清楚。为了帮助大家解决这个问题,下面小编就详细讲解一下。需要的人可以从中学习,希望你能有所收获。
MEGA软件已经被引用了很多年,今天由边肖首先引入,作为这个软件的一个小功能——构建一个进化树。前两份工作。
第一步:下载软件。
虽然版本已经更新到X,但边肖还是更喜欢使用MEGA7,可以从官网下载。这个版本的界面是紫色的。
步骤2:以FASTA格式组织文件
序列对比
(1)开放MEGA软件。点击对齐编辑/构建对齐新建对齐确定DNA/蛋白质;
(2)之后会弹出这个界面,点击左侧红框中的按钮导入文件,选择全部后点击右侧序列比较快捷键进行序列比较;
(3)所有参数默认,顺序比较;
(4)将比较结果保存为mas文件。
构建进化树
(1)点击外貌按钮,有两种常见的树:最大似然树和邻居连接树。这里,我们选择后者作为例子。比较导入的序列时,将出现下图左侧的两个图标。敲黑板必须设置下一个参数,选择Bootstrap并将其设置为1000;
(2)运行,这个过程需要等待;
(3)你完了。单击下面红色框中的按钮进行调整。
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