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这个要根据具体情况来分析，一般而言，改底药品和消毒药水在很大程度上都有所重叠，只是侧重点不同，有的偏向于改底，比如生石灰，有的倾向于消毒杀菌，比如二氧化氯溶液和过硫酸氢钾复合盐等等。也就是说，改底消毒几乎是同时进行的。接下来重点分析一下生石灰和二氧化氯溶液。
生石灰的使用:
生石灰根据具体情况一般有两种使用方法。
1.第一种是在水里基本没有小龙虾活动的情况下改底清塘。用量比较大，亩用量80斤左右，这种用量完全达到了清塘的目的，几乎能够杀死水体里所有的生物和藻类以及细菌（无论有害细菌还是无害）和寄生虫。这样的用量就同时包括了改底和消毒的两种功能。
2.第二种是在水里有大量小龙虾存在的情况下，消毒杀菌。亩用量6斤左右。由于生石灰的氧化作用以及强碱性，会杀死部分细菌和寄生虫，同时对藻类和鱼虾也有不同程度的伤害，一般来说在高温天气下，尤其是5月和6月这两个月份，是小龙虾活动的主要时期，同时这段日子，虾田（塘口）生态环境也比较恶劣，小龙虾容易死亡，鉴于生石灰的重碱性和强烈的氧化反应，所以，这一时期的消毒杀菌的药品的首选并不是生石灰，而是二氧化氯溶液。
二氧化氯是小龙虾消毒杀菌的首选药品:
为什么这么说呢？我先来两个对比，与生石灰相比较，二氧化氯溶液遇水非常稳定，不像生石灰遇水会发生强烈的化学反应，它在溶于水之后非常稳定，消毒杀菌主要靠氧化作用和氯来完成，能够杀灭一切微生物和寄生虫，同时也能够杀死水藻。纯的二氧化氯具有很大的刺激性和腐蚀作用，但是市场上合格的二氧化氯溶液中二氧化氯的含量只占8%，同时含有大部分其他物质，即便是这样，低浓度的二氧化氯溶液，它的消毒杀菌能力也是非常强的，与其他化学药品比较起来，它的效果持续时间更长，因为它能够破坏细菌和其他微生物以及寄生虫的细胞壁。不过它也有其他化学药品的共同缺点，就是耗氧严重，所以，在使用前必须保证溶解氧充足。
虽然过硫酸氢钾复合盐也是不错的消毒剂，但是由于它呈酸性，所以并不适合用在高温天气下恶劣的酸性水体环境里面。
为什么不用生物菌来改底消毒？
先说明一点，生物菌是可以用来改底消毒杀菌的，但是它不能直接达到这种效果，它需要一些前提条件，简单来说，生物菌的工作原理就是在人工干预的前提下让有益菌在虾田（塘口）的水体微生物循环过程中占据繁殖优势，只是这里有一个问题，如果直接使用有益菌种，由于水体中的有害菌占据绝对优势，而有益菌的繁殖又需要很长时间，所以，在相当长的时间之内，有益菌是起不到什么作用和效果的。
总结:所以，正确的使用方法是，在没有小龙虾活动的水体里，先用生石灰清塘，然后用有益菌来净化水质，同时培藻培菌。
在有小龙虾活动的情况下，先用二氧化氯溶液消毒杀菌，然后用有益菌来培藻培菌。
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