无论是药品还是保健食品都会产生不良副作用，最重要的是要考虑剂量。一般以推荐剂量使用乳清蛋白是安全的，不会产生副作用，每次服用的剂量约为20 ~ 40克蛋白。
营养师曾怡君：蛋白质靠肝肾代谢。有肝肾疾病的人不适合大量摄入高蛋白产品，也不利于3岁以下儿童的消化吸收。吃了它们可能会引起腹痛和腹泻。
此外，乳清蛋白中含有酪蛋白，对于一些对酪蛋白敏感的人来说，酪蛋白是偏头痛和其他类型头痛的主要诱发因素。过量的乳清蛋白可能会导致头痛、食欲不振、疲劳、胃肠不适(如恶心、腹痛、胀气和腹泻)、过敏、荨麻疹或呼吸困难。
如果患有乳糖不耐症，可以选择水解乳清蛋白或分离乳清蛋白来去除乳糖，而不是浓缩乳清。
服用乳清蛋白粉时请注意，不要添加过多的多糖和盐，不要与酸性饮料同食或过热，以免蛋白质变性影响吸收。
此外，乳清蛋白还会与几种药物相互作用，如减少喹诺酮类抗生素的吸收，增加四环素类抗生素的副作用，加速茶氨酸类药物的代谢等。如果正在服药，建议间隔半小时以上。
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