零余额账户和基本存款账户的区别主要体现在以下三点：
首先，零余额账户和基本存款账户是由不同的实体开立的。
零余额账户的开户单位是财务部门。
零余额账户是指财政部门或财务部门为预算单位在商业银行开立的用于办理预算资金支付结算的账户，其日终余额与在央行设立的国库单一账户结算后为零。
简单来说，就是金融部门在商业银行为自己或预算部门开立的账户。
而且基本账户都是公司开的。只要有依法成立的单位(机关、团体、企事业单位等。)，只要有业务活动，基本都可以开户。
第二，零余额账户和基础存款账户的用途不同。
零余额账户是指国家财政在向商业企业或政府采购项目收款人支付款项时，不直接向收款人交付资金，而是设立中间账户进行资金结算。
例：某政府采购项目花费100万元采购汽车。按理说，财政应该把资金直接支付给汽车公司。
但为了保证支付环节可控、账目清晰，财务部在某商业银行为自己或其预算部门开立了零余额账户，财务部首先向零余额账户下达支付指令，告知其向某汽车公司支付100万元。
零余额账户接到指令后，立即向汽车公司支付100万元，随后向财务部申请将款项返还给自己。
因此，财政将资金分配到零余额账户。此时，一次性付款后，账户余额变为零，账户持平。
基本存款账户是一家单位（可以是企业事业单位或者其它单位）办理转账结算和现金收付的主账户，这家单位的日常经营活动都可以通过基本账户办理。
主要办理转账结算、现金收付(不同于一般账户)，以及工资发放等各种与业务相关的财务往来。
三.零余额账户和基本存款账户对账户及其余额的控制不同。
金融零余额账户专门用于资金结算。这是唯一的目的。从名字可以看出，不可能有平衡。每天晚上，必须在一天结束前清理干净，不能留下任何钱。
但是，基本账户没有这种强制性要求。企事业单位根据自身经营状况决定账户余额中留多少钱，由开设基本存款账户的单位自行掌握。
公司在银行开户，第一个是基础账户。只能选择一家银行开立基本存款账户。没有基本账户，就不能开立普通账户、临时账户等其他账户。
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