如何使用plink进行连锁不平衡分析

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这篇文章向你展示了如何使用plink来分析连锁不平衡。内容简洁易懂。它一定会让你的眼睛发光。希望通过这篇文章的详细介绍,你能有所收获。

Plink是连锁不平衡分析的常用工具之一。它需要两个基本输入文件,后缀分别是ped和map。Ped文件格式在之前的文章中已经详细介绍过了,这里只介绍地图文件。

地图文件主要存储SNP位点的名称和位置信息,内容如下

1snp101

1snp202有4列,每行代表一个snp位点,第一列代表SNP位点所在染色体的名称,第二列代表SNP位点的ID,通常为rs数或用户自定义的ID;第三列代表SNP基因座的遗传距离,如果没有实际值,可以填0;第四列代表染色体上SNP位点的位置。

Plink可以通过以下两种方式执行LD分析:

1. 分析指定的两个SNP位点

订单如下

Plink-filetest-L DSN P1 SNP 2将在日志信息中输出LD分析的结果

ldinformationfornppair[SNP 1 SNP 2]

R-sq=0.009D'=0.163

单体型频率预期基础

-

AG0.1160.139

CG0.3000.278

AT0.2170.194

CT0.3660.389

同相平行创建/重心

分析完成: Satjun 2311:48:352018给出了R2和D’两个值,也给出了不同单倍型的频率。

00-1010命令如下:

plink - filetest - r

Plink - filetest - r2 - r r2-R将直接输出所有LD分析的结果,而- r2将根据R2值过滤结果。在实际分析中,SNP位点的数量非常多,如果不过滤,结果文件会非常大。过滤参数如下

-LD-窗口

默认值为10,限制了一个SNP位点和10个其他SNP位点用于LD分析的最大数量。

- ld-window-kb

默认值为1Mb,只分析1Mb以内的SNP位点。

-LD-窗口-r2

此参数只能与- r2参数结合使用。默认值为0.2。对输出结果进行过滤,只输出R2大于该参数值的LD分析结果。

该文件给出了单核苷酸多态性位点之间的R值或R2值,示例如下

CHR_ABP_ASNP_ACHR_BBP_BSNP_BR

1 SNP 11snp112snp2-0.108465通过指定-LD-SNP参数,还可以只分析一个SNP位点与其他位点的连锁关系。用法如下

plink-file test-R2-LD-SNP P1-LD-Window-KB 1000-LD-Window 99999-LD-Window-R20各有千秋。第一种方法会给出D’和R2两个值,而第二种方法只会给出R值。第一种方法一次只能分析两个SNP位点之间的连锁,第二种方法一次只能分析多个SNP位点之间的连锁。

以上内容是如何使用plink进行连锁不平衡分析。你学到什么知识或技能了吗?如果你想学习更多的技能或丰富你的知识,请关注行业信息渠道。

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