如何使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性

技术如何使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性如何使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编

如何使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性,很多新手都不是很清楚。为了帮助大家解决这个问题,下面小编就详细讲解一下。需要的人可以从中学习,希望你能有所收获。

Igraph工具通过编程处理网络数据,用于处理大规模、海量的数据。如果只是偶尔需要对网络数据进行分析,那么使用图形界面工具cytoscape会更容易、更方便。

胞景相信很多人都用过,通常用来可视化网络。对于分析网络的基本拓扑属性,如计算聚类系数值,也可以很容易地在细胞图谱中获得。

在胞景3.0 3.0版本之后,集成了NetworkAnalyzer工具,可以轻松计算常用的拓扑属性。该工具可以通过工具-网络分析仪打开,分析结果将显示在右侧的结果面板中。常见结果如下所示

00-1010将给出网络的聚类系数和密度当量,如下所示。

如何使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性

1. Simple Parameter

对于无标度网络,节点的度分布符合幂律分布,可以估计相应的系数。

如何使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性

2. Node Degree Distribution

由于真实网络的小世界效应,网络中的最短路径都很小,从下图可以看出,最大值为7。

如何使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性

3. Shorest Path Length Distribution

如何使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性

4. Betweenness Centrality

如何使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性

另外,图论中有很多描述网络的独特特征和属性,我就不一一展示了。通过网络分析器工具,您可以快速获得常见的基本网络属性。

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