1、两者的审计目标不同。
外部审计的目标常常受到法律和服务合同的限制，如常见业务——财务报表审计的目标是财报的合法性、公允性作出评价，而内部审计的目的是评价和改善风险管理、控制和公司治理流程的有效性，帮助企业实现其目标。
2、两者的重点领域不同。
外部审计的重点领域受到法律和合同的指定，例如财务报表审计中，外部审计主要侧重点是会计信息的质量和合规性，也就是对财报的合法性、公允性作出评价。而内部审计主要侧重点是经济活动的合法合规、目标达成、经营效率等方面。
3、业务范围不同。
外部审计的业务范围受到法律和合同的指定，如财务报表审计、内部控制审计、鉴证审计、尽职调查等业务。而内部审计是以企业经济活动为基础，拓展到以管理领域为主的一种审计活动。
4、审计标准不同。
内部审计的标准是非法定的公认方针和程序，如IPPF；外部审计的标准是法定的独立审计准则和相关法律法规。
5、专业胜任能力要求不同。
内部审计要求具备一定的管理知识水平，由于内部审计的目标是帮助企业实现其目的，改善机构运作并增加价值，故要求内部审计人员具备一定的管理知识与水平。
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