房地产企业三大税种的计算和缴纳都采用预缴的方式(企业所得税不是预缴的概念，姑且称之为预缴)，所以同一税种在不同阶段的缴纳方式不同，同一阶段的三大税种也不同，实践中争议点也很多。先说最繁琐的土地增值税。
《土地增值税暂行条例》:虽然“纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。”的规定说征收土地增值税的截止时间是在项目竣工结算之前，但实际上，土地增值税的预缴时间远远晚于这个时间，会晚至土地增值税结算时。因此，讨论土地增值税的缴纳，可以从清算申报日前、清算期间(申报日至清算结果)和清算后三个时期来讨论。
一、清算申报日前
在清算申报日之前，非常明确的是，增税要按照当地规定提前缴纳。容易争论的无非是国家税务总局2016年第70号公告规定的预缴基数问题，此处不再讨论。有一个风险点需要提醒。在实践中，一些房企养成了按照70号文件“预收款-预交增值税”的方式缴纳的习惯，直到现房销售、发票交付，仍在按照这种模式预交土地增值税。一方面增值税已经按照产出减去投入正常缴纳，另一方面还是按照70号文件的公式提前缴纳，大量土地增值税已经提前缴纳。
二、清算期间的土地增值税缴纳
申报日期与清算审计结果之间至少应有几个月的时间。在此期间如何申报缴纳增税？没有全国统一的规定，只能按照各省口径执行。通常的做法是：
1.继续按照预请购费率预付。清算结果出来后，根据清算结果多退少补。有的地方为了减少退税频率，规定普通房屋在清算申报时符合免税条件的，清算期间销售普通房屋将停止土地增值税预缴。
2.“模拟扣除”按照申报清算时的成本支付。比如有的地方规定清算期间，增值额和增值率按照三分法分别计算，缴纳土地增值税。扣除项目金额按申报时单位建筑面积减去项目金额乘以销售或转让面积计算。清算审计结论出来后，按照新确定的单位建筑面积扣除项目金额，办理退税手续。
无论采用什么方法，清算结果出来后，都要有多退少赔的动作。
三、清算后销售尾盘申报缴纳
清算后销售结束申报缴纳按照国税发〔2006〕187号文件规定：“土地增值税清算期间未转让的房地产，清算后有偿出售或转让的，纳税人应按规定办理土地增值税纳税申报，扣除项目的金额按单位建筑面积成本乘以出售或转让面积计算。”因此，归根结底，支付增税的大规则是明确的。不明确或有争议的领域主要包括：
1.扣税。其实这一点也是相当清楚的。日终销售额在日终对应的税金中扣除，清算时更容易对应税金。但在多项目开发的情况下，要正确应对迟缴税款并不容易。如何解决这种错配是政策上的盲点。
2.是否支持二次清算。第二次清算是小概率事件，无需进一步讨论。根据当地的一些规定，如果清算多缴是由于未能获得发票或清算期间未能支付款项等原因造成的，则允许app
4.纳税时间问题。预缴土地增值税，一般是“收到就交税”，一套房可能要预缴几次。但是，销售结束时的增税，必须按一套房计算缴纳。在不同的征收模式下，何时确认增税收入、产生纳税义务是一个问题。签订合同的日期？合同领取时间？居然收到了钱？开发票？交出房子？这一政策相当模糊，实践中很多纳税人都采用了最简单的“开票申报”方式。xx地方法规具体科学，值得借鉴：
1.开发产品采用一次性全额付款或分期付款方式销售的，在实际收到首付款或取得主张营业收入凭据之日确认收入的实现，并按合同约定的总价确定销售收入。
2.开发产品以银行按揭方式销售的，将按照销售合同或协议约定在收到首付款之日确认收入的实现，并按照合同约定的总价确定销售收入。
3.委托销售开发产品的，按照以下原则确认收入的实现.
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