本周最新文献速递20211114

本周最新文学快报20211114

本周最新文学快报20211114

一、精细解读文献 一

文献题目：绘制人类疾病的蛋白基因组趋同图

不想看英文题目：绘制了人类疾病的蛋白质基因组。

杂志和影响因子：

研究研究意义：蛋白质的遗传结构及其与人体健康的关系。

结论：

全基因组蛋白质关联分析共纳入10，708名欧洲血统个体(平均年龄48.6岁，53.3%为女性)、4，775个蛋白质靶标和1，020万个基因型。

共鉴定出2584个基因组区域(蛋白质编码基因500 kb以内，顺式-pQTL)，与3892个蛋白质靶标相关(P 1.004 10-11)。79.3%的基因组区域(n=2050)与单个蛋白质靶标相关，64%(867/1356)的顺式-pQTL在复制队列中处于同一方向(P0.05)。

蛋白质靶标：是指与突变相关的蛋白质。

通过检测顺式-pQTL调控的蛋白质是否对某一途径或蛋白质具有特异性，作者将顺式-pQTL分为蛋白质特异性和途径特异性顺式-pQTL，其中40.8%为蛋白质特异性，5.9%为途径特异性，648个顺式-pQTL对蛋白质网络具有特异性。

共定位[后验概率(PP) 80%]用于整合pQTL与GTEx的eQTL(基因表达相关位点)和sQTL(可变切割相关位点)位点。发现大多数顺-pqtl(n=584，73.4%)与所有组织中的基因表达方向一致，而26.6% (n=212)与基因表达方向相反。如免疫球蛋白超家族8 (IGSF8)的顺式-pQTL rs2295621-A与血浆中的蛋白靶点呈负相关(=0.19，P 1.65 10-32)，但在其他33个组织中呈正相关，可能与蛋白降解和背景混杂因素(如时间和发育状态)有关。

利用顺式-pQTL鉴定GWAS表型/疾病的潜在致病基因，发现了许多以前eQTL没有发现的致病基因。比如R-s pontin-1上的pQTL rs113998067是与子宫内膜癌相关的突变位点，R-s pontin-1可以分泌一种激活蛋白，可以介导雌激素受体-的表达，增加子宫内膜癌的风险。

利用顺-pQTL构建基因-蛋白质-疾病网络，共鉴定出1859个基因-蛋白质-性状网络(又称www.omicscience.org蛋白质基因组图谱)，包括412个蛋白质靶标和506个表型。以其中一个网络为例，在很多疾病(冠心病、高脂血症、溃疡性结肠炎、阿尔茨海默病、二型糖尿病等)中都有很多共享的pQTL。)在网络上，另一个例子是ABO上的CIS-PQTL(RS 576125，MAF=33.5%)也与肺栓塞有关，这可以解释为什么肺栓塞是新冠肺炎常见的并发症。

蛋白质基因组图谱也可用于发现潜在的疾病机制，如rs212100 (r2=0.90)，这是一个顺式-pQTL的高度连锁基因座，其C基因型可增加胆盐磺基转移酶(SULT2A1)的活性，增加胆结石的风险，并且随着r2的降低，效应值也会降低，这表明rs212100可能通过影响SULT2A1的活性而增加胆结石的风险。

(这张图真好看)

划分年龄或性别，评价不同性别和年龄的顺式-pqtl的效应值差异。总共有14个蛋白质靶标在性别(N=10)或年龄(N=8)上有显著差异，并且有4个蛋白质靶标重合。

Open Targets发现了31个潜在的药物靶点，可用于治疗1至8种疾病。

亮点：填补了pQTL对疾病贡献领域的空白(之前有pQTL研究，但样本量较小)。

局限：无法分析他所有同事蛋白质的遗传结构。

文章链接：

10.1126/science.abj1541

公开的资料：

www.o

micscience.org

二、精细解读文献 二

文献题目： Discordant associations of educational attainment with ASD and ADHD implicate a polygenic form of pleiotropy

不想看英文题目： 教育程度与 ASD 和 ADHD 的不一致关联揭示基因多效性

杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

研究意义： 注意力缺陷/多动障碍 (ADHD)和自闭症(ASD)的遗传结构高度相似，大约 15-25% 的 ADHD 表现出自闭症(ASD)症状， 40-70% 的 ASD 患者同时有 ADHD 症状。然而，也存在不一致的地方，比如 ASD 与教育程度（EA）遗传正相关，但 ADHD 与 EA遗传负相关。与 EA 不一致的多基因关联模式潜在机制尚不清楚；

结论：

• 由于不同的机制，可能会出现与教育程度不一致的关联，下图列出了几种可能的机制（a~i）。a) 相同基因，且具有基因多效性，效应方向相同，但是彼此间的连锁程度低；b) 不同基因，无多效性；c)虚假的基因多效性，可能是由于其他混淆因素引起（比如经济状况）；d）相同的基因，且同一效应位点，但效应方向相反；e）相同的基因，基因多效性且共定位，但效应方向相反；f）不同的基因，连锁程度高，但效应方向相反；g)相同的基因，基因多效性且共定位，效应方向相同；h）不同的基因，连锁程度高，效应方向相同；i)相同的基因，具有多效性且方向相同；

• 为了探究不一致关联潜在的机制，作者基于 GWAS summary 数据评估了 ASD 和 ADHD 对 EA 的影响，模型和公式如下图所示，该模型考虑了其他潜在因素对变量的影响，可有效评估 ASD 或者 ADHD 对 EA 的独立效应；

• 利用上述模型，作者设置了 6 个不同的阈值 (0.0015?≤ P_thr ?0.5) 评估模型的有效性，结果发现 P 值越小，ASD 与 EA 的正相关越明显，ADHD 与 EA 的负相关越明显，说明该模型可有效校正混淆因素，评估表型之间的基因多效性；

• 为了证明该模型可广泛应用在其他表型上，作者使用智力（CTG）表型数据取代 EA 对 ASD 和 ADHD 进行评估， CTG 同样证实了 ASD 和 ADHD 风险的不一致关联；

亮点： 我们经常讲基因多效性，但很少有公式或者工具衡量基因多效性中是否有混淆因素。以 ASD 为例，在美国的研究中，发现 ASD 的父母社会经济地位比较高，但是在瑞典的人群队列中，却观察到较低的经济社会地位与高 ASD 风险相关，说明社会经济地位是一种混淆因素，在某种程度上会影响基因多效性的观察。本文使用多变量分析方法可有效校正混淆因素对基因多效性进行评估。

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34764245/

公开的资料：

三、其他文献推荐

下面的文献也挺精彩的，但由于下不到原文，或博主时间有限，没法精细解读，故列出来供各位参阅；
当然，你们有精彩的文献想让我解读的（前提是一周内刚出炉的文献），可给我发pdf（然而可能种种原因，我不一定有时间解读，不要对我抱太高期待）；

文献题目： A chickpea genetic variation map based on the sequencing of 3,366 genomes

不想看英文题目： 基于 3,366 个基因组测序的鹰嘴豆遗传变异图谱

杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41586-021-04066-1

文献题目： Estimating disease prevalence in large datasets using genetic risk scores

不想看英文题目： 使用遗传风险评分估计大型数据集中的疾病流行率

杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-26501-7

文献题目： Structural variants in the Chinese population and their impact on phenotypes, diseases and population adaptation

不想看英文题目： 中国人群的结构变异及其对表型、疾病和人群适应的影响

杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-26856-x

文献题目： Deciphering cell lineage specification of human lung adenocarcinoma with single-cell RNA sequencing

不想看英文题目： 用单细胞 RNA 测序破译人肺腺癌的细胞谱系特征

杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-26770-2

文献题目： Co-evolution based machine-learning for predicting functional interactions between human genes

不想看英文题目： 基于机器学习协同进化预测人类基因之间的功能相互作用

杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-26792-w

四、工具或资源类介绍

文献题目： Fast alignment and preprocessing of chromatin profiles with Chromap

不想看英文题目： 使用 Chromap 快速对齐和预处理染色质图谱

快速、批量处理 ChIP-seq/Hi-C/单细胞ATAC-seq数据

杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-26865-w

文献题目： scEnhancer: a single-cell enhancer resource with annotation across hundreds of tissue/cell types in three species

不想看英文题目： scEnhancer：在三个物种的数百种组织/细胞类型中进行单细胞增强子注释

杂志和影响因子： Nucleic Acids Res (IF: 16.97; Q1)

文章链接：

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1032/6425541

文献题目： bollito: a flexible pipeline for comprehensive single-cell RNA-seq analyses

不想看英文题目： bollito：用于单细胞 RNA-seq 分析的灵活管道

杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)

文章链接：

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab758

文献题目： PheneBank: a literature-based database of phenotypes

不想看英文题目： PheneBank：基于文献的表型数据库

杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)

文章链接：

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab740

文献题目： GADGETS: A genetic algorithm for detecting epistasis using nuclear families

不想看英文题目： GADGETS:：基于家系数据检测上位性的遗传算法

杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)

文章链接：

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab766

致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen)for XXX

感谢小可爱们多年来的陪伴， 我与你们一起成长~